با قرار گرفتن در معرض تخلیه پلاسما، می توان آلاینده های سطحی را که با روش های تمیز کردن معمولی به سختی حذف می شوند، از بین برد. علاوه بر شستشو، از پردازش پلاسمایی برای افزایش چسبندگی سطحی همه نمونه ها پیش از تشکیل لایه نازک، و پیش تصفیه برای کشت سلولی استفاده می‌شود. همچنین قابلیت پردازش بسیاری از مواد مانند فلزات، سرامیک‌ها، پلاستیک‌ها و PDMS نیز وجود دارد.
